Jw_cad作者さんのサイトの掲示板で下記のような質問がありました。
Jwwの基本設定でバックアップファイル数を「０｣にしても、Jw_win.jwfでバックアップファイル数を「０」にしても、バックアップファイルが作成されてしまいます。
原本は担当者が持っているためバックアップファイルを作る必要がありません。Jww以外のファイルも多いので整理に困ってしまうためにバックアップファイルを作りたくないのです。OSはWindouws-XPです。
jw_win.jwfのS_COMM1のバックアップファイル数を前回は間違えてテキストデータの方を書き換えていたのでjwfファイルを書き換えて試してみましたが、「0」でも「-1」でもバックアップデータは作成されてしまいました。
http://hpcgi2.nifty.com/jw_cad/c-board.cgi?cmd=ntr;tree=14719;id=003
Jw_cad Ver.6.20a にて「Sample.jwf」の END行をコメントにして、S_COMM_1の��を「0」にして、「Jw_win.jwf」にファイル名変更して保存し、Jw_cad を起動して標準添付の図面を開き、ラクガキして上書き保存・名前を付けて保存をしてみましたが、バックアップファイルは作成されていないです。

なので、
エクスプローラの「拡張子は表示しない」にチェックオン状態で、「Jw_win.jwf」が思ったようなファイル名になっていない（Jw_win.jwf.txt　とか）とか、JWFファイル内のパラメータ間の半角空白を全角空白にしてしまったとか、全然違うところのフォルダ内にある？Jw_win.jwf を触っているのか、などなどは考えられますが〜