Jw_cad作者さんのサイトの掲示板で下記のような質問がありました。
基本設定のプリンタ出力ピッチにおいて、線種３を変更すると線種２が変わる。線種４を変更すると線種３が変わる。というように設定がずれます。Ver6.20a、Ver6.21aで起きています。バグでしょうか。それともうちのＰＣがおかしいのでしょうか。
その後色々試したところ、あるファイルのみ現れる現象でした。
AutoSaveDir=F:\jwwautosave
AC_COM =　　0　　240　　240　　240　　 80　　 80　　80　　 1
S_COMM_1 =　　30　　1　　0　　0　　0　 11　　0　 11　 1
S_COMM_8 =　　0　　0　 11　　0　　0　　0　　0
現在は、正常に変更できるファイルがなくなってしまったので、比較しての検証ができません。
http://hpcgi2.nifty.com/jw_cad/c-board.cgi?cmd=ntr;tree=15461;id=003
S_COMM_1の(8)で「11」を指定しているという事は、図面ファイル内で設定されている線種設定内容を読み込んでいる、という事ですから、その図面ファイルだけがおかしい、他は大丈夫、という事であれば、その図面ファイルでの設定状態がおかしいって事になりそうな感じですから、その図面ファイル内を精査する必要があるやもしれません。といいつつ、その図面ファイルも無くなってしまったのなら、原因調査も出来ないという事でしょうから、検証も出来ないし、どうにもならないだろうとは思います。

ただ、線種設定のあたりは
http://www.jwcad.net/jwdatafmt.txt
でも分るように連続的に設定されているので、それが食い違うっていうのは早々ないような気もしますけれど。相当に古いバージョンでのファイルでバージョンの差異によるものなのか？う〜ん、やっぱり、実際に見てみないと分らないですね。