建築資料館のJWW掲示板で下記のような質問がありました。
特定ファイルの特定環境設定ファイルの自動読込についてお聞きします。
ある特定のファイルを開いたときに、ある特定の環境設定ファイルを自動的に読み込ませることができるのでしょうか。よろしくお願いいたします。

Jw_cad が自動で読み込む環境設定ファイルは、
Jw_win.exe と同じフォルダにある Jw_win.jwf のみ。

自動ではないけれども、任意の JWFファイルを読み込む場合は、Jw_cad を起動し、メニューの「設定」〜「環境設定ファイル」〜「読込み」　をして、JWFファイルを選択する、というパターン。

Jw_cad （の基本機能）だけで、任意の環境設定ファイルを自動的に読み込ませる、ということは出来ません。やりたい場合には、別のツールが必要でしょう。

そういう訳で、
１） Jw_win.jwf を書き換えてしまうツール
２） WSH等の、SendKey（SendMessage）的なことが出来るツールで、メニューを自動操作させ、環境設定ファイルを読み込ませるツール
の２パターンが考えられます。

ツールを作るのであれば、１）　のほうが簡単かな。
SendKey（SendMessage）な手法は、ウエイトとか、キーの取りこぼしとかが　起きたりするので、いまいち、安定性に欠ける部分があるので。
１）のほうの注意点とすれば、もともとある Jw_win.jwf をバックアップして、出来れば、レストアできるようにするって事。それ以外は、別段、難しいこともないと思う。ファイルをコピーして、プログラムを実行させるだけだから。まぁ、勿論、そのツールを使わない事には、目的は果たせないわけだけども。

例えば、
唐人舞さんの、「JWWLaunc」とか、あるよね。
http://www.vector.co.jp/soft/win95/business/se300431.html
ちょっと違うかもしれないけど。