Jw_cad作者さんのサイトの掲示板で以下の発言がありました
質問です。
一度環境設定ファイルを読み込んだら常にその状態を保つやり方をここの記事で拝見しました。
その際に「jw_win.jwf」の設定を学校のパソコンで変更したら全体のパソコンに影響ってでるんですか？

普通のパターンで、
パソコン１台１台に　Jw_cad をインストールしているんであれば
あるパソコン内の Jw_win.jwf を作成・編集しても
そのパソコンだけの話で終了です。

しかしながら　舞台は「学校」で　学校のPCの場合、普通ではない状況というのは有り得ます。

ひょっとすると、PCをリモートコントロールされている状況なのかもしれませんしｗ、サーバーPCにある Jw_cad を各端末PCから実行させているのかもしれませんしｗｗｗ、仮に　PC毎にインストールされていて、独自 Jw_win.jwf を作成しても、管理者に消されてしまう／書き換えられてしまう可能性もあります。だって、質問者氏１人だけが使うPC　ではないんですから。色んな学生が使うので　誰かが余計なことをする事によって、他の人の阻害になるかもしれないんだし。また、別の学生によって、あ〜〜〜俺の設定と違うやんけ！と　その学生に Jw_win.jwf を書き変えられてしまう可能性もあります。

まぁとりあえず、そのPCの C:￥JWW に Jw_cad がインストールされているのかどうかを確認して、もしそうだったら、Jw_win.jwf を作ってみてはいかがだろうか？