Jw_cad作者さんのサイトの掲示板で以下の発言がありました
長いことJWWにお世話になっております。

複雑な図面を書くことが多くなり、レイアグループ、レイア数が
もっとあったらいいのにと思い始めているのですが、設定等を見ても
レイア数などを増やす項目を見つけられません。

レイア数などは増やすことは可能なのでしょうか？

長いこと使っているのなら
薄々は分かっていると思うんだけども、
レイヤ数を増やす事は、はい、出来ません。

レイヤグループ16×レイヤ16＝合計256 ですが
レイヤ数固定のCADでは、最大 256レイヤ　というのは
結構よくあるパターンです。
例えば、SXFファイルでも最大 256 レイヤです。

レイヤ数を自分で増減できるCADとして有名なのは
AutoCAD でしょうか。
AutoCADを触れば分かりますが、Jw_cad のようなレイヤグループ・レイヤのツールバーというのは存在しません。レイヤ数は固定じゃないんだから、ツールバーでの実装は難しいと思いますね。そうなると、別ダイアログ画面やコンボボックス・リストボックス等での指定になると思われます。
レイヤ番号での管理というのも難しくなりますね。
増減できるんだから、レイヤ番号を削除したり挿入したりする事が出来る。という事は、レイヤ番号は 0 や 1 から連続して1ずつ増えていくものだ、というルールは通用しません。レイヤ番号というのは消滅し、レイヤ名での識別、という事になるかもしれません。AutoCADのように。

私が自分の頭だけで想像してるCAD（笑）では、レイヤ数は最大 1024 までと想定していますが、インターフェイスとか、ほんと、どーしようかなぁ？と思ったりしてます。(笑)　データ構造は SXFを意識してるんで、SXF書き出しとかすると 256レイヤに絞られる事になるけど、どうすべ？www とか思ったり。
なんで 256レイヤじゃないのか？というと、やっぱり、256レイヤでは足らない、という話をちらほら聞いたからですね。まぁ、レイヤ番号を Word型とすれば、0〜65535 は使えるんだけど、レイヤ情報も巨大化するし、利用者がレイヤ選択するのも大変になってくる。

まぁ、どうしても、256より多くのレイヤを使いたいのなら、Jw_cad では無理なので、AutoCAD（AutoCAD互換CAD）に乗り換えるという手法くらいしか無いですね。