えー　私も昔は　機械部品の電子カタログとか
CADの図形データとか
そういうのを作っていた頃がありますので
（一部は昔、M7用に作ってウェブで公開してますので
　興味のある方は御自由にご覧下さいw）
部品図形に「基準点」ってのがあるってのは承知の上であります。はい。

例えば歯車の側面図であれば、あそこだよね
というのはありますが、そういうのは、
実際に機械部品（モノ）を取り付ける際の位置である事が
多かったりするのでありんす。
ですので歯車の場合は、軸（シャフト）を付ける位置であったり、相手歯車との噛みあい位置という場合もあったりする訳です。まぁ、噛みあい位置の場合は大抵、噛みあいPCDを作図しておいて、その交点に、というケースが多い訳ですが。あるいは、中心位置計算をして云々な話です。
ねじ・ボルト・ナット・ワッシャー等も同じ。

で、CADでは具体的に
基準点を決め、そこを(0,0,0)点として、作図を開始する訳ですが、まぁあれです。図形を描いてしまってから基準点をここにする〜という後決めパターンもある訳で。で、AutoCADであれば、昔から「複合図形」（ブロック図形）という機能がありまして、機械部品図等のようなものはそれを使ってやると後で利用しやすくなったりする訳です。デザインセンターという機能も追加されたり等。
で、AutoCAD（=DWG/DXF）でのブロック図形データというのは、基準点は(0,0,0) でなくても良い訳なのですよね〜。落合氏の「DXFハンドブック」では、ブロックの基準点は通常0 って書かれてますけれども、0でないデータもかなりあったりします。
なので、基準点には、マークがないと、図形の基準点がどこなのかわかんなくて、図形を選択する時に困ってしまう場合も　あるかもしれませんね。

なお、Jw_cad でのブロック図形の基準点は (0,0)点である、って仕様です。けれどもまぁ、Jw_cad には定義ブロック図形一覧選択の機能はありませんから、アレですけど〜。ただ、図形コマンドで参照する図形ファイル（JWS/JWKファイル）には、まぁフォーマット公開されてませんから断定は出来ませんが、配置基準点というのはあります。ですので、図形コマンドでの図形のファイル選択一覧では、配置基準点のところに赤丸が表示されてます。けれどもそこに点データが必ずしもある訳ではありません。図形データを作った人がそこに点データを作図していれば、あります。

最新のAutoCADは知りませんのでアレですが
昔からのAutoCADには、補助線って属性がありません。
Jw_cad には、補助線色や補助線種というのはありますが。
なので AutoCAD では、画層（レイヤー）で分類し、印刷しない画層に線や点を描いて　補助線として使う　みたいな感じになっています。
それについては Jw_cad でも同様に、表示のみレイヤーにして表示のみレイヤーは印刷しない設定にするとか、非表示レイヤーにするって感じで似たような事は可能です。
で
AutoCADでは、寸法図形(DIMENSION)要素を利用する際、その基準点等が「DEFPOINTS」という印刷されない特別な画層が用意され、そこに入るようになっています。ですので、ブロック図形の基準点等も　ブロック図形を作図する人がそこに基準点を作図しておいてくれさえすれば、後々のブロック図形利用でも有効に働く、のかもしれません。
なお
AutoCADでいう「点」とは
Jw_cad の黒丸な「点」ではなく、
１ドットの点、＋、×、〇、〇と×の重なり、□、□と＋の重なり
のうちから選択　って事になってます。
Jw_cad のように　寸法線の端点に使う等は考えられてません。
１ドットの点は　ほんと　見えませんので
基本的にはそれ以外が利用されると思いますが〜
なので
AutoCAD(DWG/DXF) と Jw_cad とでは点については
てんで違うモノ　と思っても差し支えないかもしれませんw