JWW形式の仕様と SXF仕様（SFC形式・P21形式）は
まったく違います。

完全同じにするってことは基本的に不可能です。

SXF仕様での尺度表現は
1/1の図面シートに、尺度指定のある部分図が乗ってる
って感じになります。
Jw_cad のようにレイヤグループ毎に縮尺がある、
って感じではありません。

そのため Jw_cad から SXF保存をする際、
レイヤグループ毎の縮尺は、部分図の尺度として反映されるようになっており、また、SXFを開く際は、部分図をブロックとして読み込み、部分図の尺度はブロックの倍率として読み込むようになっています。
ですので、そのブロックを「ブロック編集」すると
そのブロック内で　レイヤ分類は行われているはずです。

なお、レイヤ番号は 0-1 から順番に、要素データのないレイヤは詰め込まれていきます。



当方サイトのシェアウェアコーナーに
「JwwSxfBlockExp」というツールを置いています。
これは、Jw_cad で SXFファイルを開き、そのまま JWW形式保存をした後にこのツールで変換を行うと、部分図がブロック図形として変換されているトコロを、レイヤグループ＋縮尺としてブロック展開を行います。まぁそのため１部分図内でのレイヤ数は16個までに制限されます。
Ver.4.05a までは元々、部分図＝ブロックではなく、部分図＝レイヤグループ（MAX16個）という仕様でしたが、その仕様だとレイヤが16個しか使えませんので、Ver.4.10で仕様変更されました。現在は、部分図＝ブロック＝レイヤ最大256個使用可能、という仕様ですが、これは基本的に間違っていないと私は思います。
ただ、ブロックを扱うのがイマイチ好きではない Jw_cad ユーザーは意外に多い、かもしれない、みたいな話です。まぁその辺り、Jw_cad でのブロックの扱い・管理が、ややこしいというか、やりにくいとか、そういうのもあるかもしれません。Ver.4時代には、ブロックツリーさえありませんでしたし。


※相手方が Jw_cad ではなく
　SXF・レベル２ネイティブなデータのやり取りをする場合は
　Jw_cad はレベル２ネイティブデータの相互変換は出来ませんから（SXFファイルを開いたときに分解されたりする）、Jw_cad を使うのではなく、SXFレベル２ネイティブデータを扱えるCADを利用する方が良いと思われます。